anndata
Travaille avec les fichiers de matrices annotées .h5ad pour les données single-cell dans l'écosystème scverse.
Fonctionne avec configuration
Ce que fait
Structure de données pour les matrices annotées en analyse single-cell. À utiliser quand on travaille avec des fichiers .h5ad ou qu'on s'intègre à l'écosystème scverse. C'est le skill de format de données — pour les workflows d'analyse, utiliser scanpy ; pour les modèles probabilistes, utiliser scvi-tools ; pour les requêtes à l'échelle d'une population, utiliser cellxgene-census.
Rapport de test
L'installation verbatim (git clone + cp) fonctionne proprement ; le frontmatter du SKILL.md se parse comme du YAML strict avec les 5 fichiers référencés présents, et chaque API documentée (construction d'AnnData, ad.concat, conversion sparse, I/O h5ad en mode backed, réglages zarr) s'exécute correctement avec le vrai package anndata. Sur une tâche A/B de construction et filtrage d'un AnnData, les bras avec et sans skill ont produit des scripts fonctionnellement identiques, corrects et idiomatiques (les deux ont supprimé la cellule entièrement à zéro, les deux ont écrit/rechargé le h5ad en mode backed), donc le skill n'a apporté aucun avantage mesurable sur cette tâche. Nécessite le package Python anndata installé (pip install anndata) ; aucune clé API ni service externe requis.
Testé le: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Commandes et exemples de prompts
/anndataTravaille avec les fichiers de matrices annotées .h5ad pour les données single-cell dans l'écosystème scverse.
Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type