AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Exécute AlphaFold2 via ColabFold pour plier des protéines/complexes et interpréter la confiance pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Fonctionne avec configuration
Ce que fait
Prédit les structures protéiques 3D à partir d'une séquence FASTA en utilisant AlphaFold2 via le pipeline MSA accéléré par MMseqs2 de ColabFold, couvrant les monomères à chaîne unique et les complexes AlphaFold2-Multimer. Explique comment lire les métriques de confiance per-residue et per-interface et comment valider une séquence conçue via un self-consistency refolding. Fait partie d'une plus grande suite AlterLab ; délègue explicitement aux compétences sœurs pour le ligand co-folding, antibody complexes, embeddings, ou database lookups. Nécessite un GPU CUDA et une installation ColabFold.
Rapport de test
Correctly routes a ProteinMPNN-designed peptide into the self-consistency fold-and-check loop and hands the GPU step off to alterlab-remote-compute -- but actual folding needs a CUDA GPU plus multi-GB AlphaFold2 weights that this sandbox doesn't have, so only the guidance layer could be verified.
Testé le: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Commandes et exemples de prompts
/alterlab-alphafoldExécute AlphaFold2 via ColabFold pour plier des protéines/complexes et interpréter la confiance pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.