Accessibility Aggregation

Fusionne les pics ATAC-seq/DNase-seq en une carte de chromatine unifiée — nécessite un serveur MCP compagnon pour la récupération de données.

par ammawla · ammawla/encode-toolkit

Fonctionne avec configuration ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Fusionne les pics ATAC-seq/DNase-seq en une carte de chromatine unifiée — nécessite un serveur MCP compagnon pour la récupération de données.

Ce que fait

Agrège les fichiers narrowPeak ATAC-seq et DNase-seq de plusieurs expériences ENCODE en un ensemble de pics de chromatine ouverte unifié, appliquant le filtrage de la liste de blocage ENCODE, le filtrage signalValue par échantillon, la suppression des artefacts sub-nucléosomaux ATAC, et la classification de confiance élevée/supportée/singleton. Se déclenche sur des requêtes comme 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' ou 'where is chromatin accessible in my tissue'. Les étapes 1-3 et 7 (recherche/téléchargement/journal de provenance) appellent des outils encode_* personnalisés qui n'existent que si le serveur MCP encode-toolkit compagnon est installé séparément ; les étapes 4-6 (filtrage de la liste de blocage/signal, fusion bedtools, annotation de confiance) et le script validate_peaks.py fourni sont autonomes et s'exécutent indépendamment.

Rapport de test

Exécuté le pipeline bedtools réel sur des données narrowPeak ATAC/DNase synthétiques : les filtres blocklist + signalValue + sub-nucléosomaux de la compétence ont correctement supprimé un artefact de liste noire implanté et un fragment Tn5 de 20pb qu'une fusion naïve de base avait conservé comme fausses 'régions accessibles', mais sa propre logique AWK de niveau de confiance rend le niveau 'Supported' inaccessible pour N<=4 échantillons, et les étapes de recherche/téléchargement ENCODE nécessitent un serveur MCP encode-toolkit séparé non inclus dans le dossier de la compétence.

Testé le: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Commandes et exemples de prompts

/accessibility-aggregationFusionne les pics ATAC-seq/DNase-seq en une carte de chromatine unifiée — nécessite un serveur MCP compagnon pour la récupération de données.

Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :

Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Rapport complet →