ReacNetGenerator
Ejecuta ReacNetGenerator sobre trayectorias LAMMPS/ReaxFF para construir redes de reacción e informes.
Probado · Funciona
Qué hace
Envuelve ReacNetGenerator (y el helper reacnet-md-tools) para convertir trayectorias LAMMPS dump/bond/xyz en informes de red de reacción, manejando automáticamente las rarezas de formato de coordenadas (xs/ys/zs a x/y/z, elección de PBC/cell). Se activa cuando alguien quiere analizar una trayectoria de MD reactiva o post-procesar output .reactionabcd/.species existente en vez de volver a ejecutarla. Elige entre la CLI wrapper de alto nivel y la CLI nativa de reacnetgenerator según si hacen falta flags nativos de bajo nivel.
Informe de la prueba
Al pedir planear una primera pasada sobre un dump LAMMPS xs/ys/zs sin data file, se decantó por reacnet-md-tools y --nohmm en vez de inventar flags de reacnetgenerator de memoria — justo la alucinación que debe evitar.
Probado el: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalación
git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills cd computational-chemistry-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator
Comandos y prompts de ejemplo
/reacnetgeneratorEjecuta ReacNetGenerator sobre trayectorias LAMMPS/ReaxFF para construir redes de reacción e informes.
Los skills se activan con peticiones en lenguaje natural, sin comandos que memorizar. Tras instalarlo, prompts como estos lo activan (en inglés):
Build a reaction network from my LAMMPS trajectoryAnalyze this ReaxFF dump with ReacNetGeneratorPost-process my reactive MD trajectory output