BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Valida la entrada de árbol/geografía, estructura una carpeta de análisis completa de BioGeoBEARS y genera un script RMarkdown listo para ejecutar.
Probado · Funciona
Qué hace
Configura análisis biogeográficos filogenéticos (rango ancestral) usando el paquete R BioGeoBEARS: valida y reformatea archivos de geografía contra las puntas del árbol, crea un directorio de análisis organizado y genera un script RMarkdown personalizado que ajusta y compara los seis modelos estándar DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J). Se activa en solicitudes para reconstruir rangos ancestrales, analizar distribuciones de especies en una filogenia o ejecutar BioGeoBEARS.
Informe de la prueba
Ejecuté el validador incluido en datos de juguete reales de principio a fin: reformateó correctamente una tabla de distribución CSV a formato PHYLIP, luego detectó tres errores reales y distintos en un archivo deliberadamente roto (un espacio en un nombre de especie, longitud de código binario incorrecta, un carácter inválido) y una discrepancia de especies entre árbol/geografía, cada uno con un mensaje preciso numerado por línea — exactamente el tipo de depuración que una configuración manual de línea base consumiría más de 20 minutos descubriendo por prueba y error.
Probado el: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalación
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Comandos y prompts de ejemplo
/biogeobearsValida la entrada de árbol/geografía, estructura una carpeta de análisis completa de BioGeoBEARS y genera un script RMarkdown listo para ejecutar.
Los skills se activan con peticiones en lenguaje natural, sin comandos que memorizar. Tras instalarlo, prompts como estos lo activan (en inglés):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models