anndata
Trabaja con archivos de matriz anotada .h5ad para datos de célula única en el ecosistema scverse.
Funciona con configuración
Qué hace
Estructura de datos para matrices anotadas en análisis de célula única. Se activa al trabajar con archivos .h5ad o al integrarse con el ecosistema scverse. Esta es la skill de formato de datos — para flujos de análisis usa scanpy; para modelos probabilísticos usa scvi-tools; para consultas a escala poblacional usa cellxgene-census.
Informe de la prueba
La instalación literal (git clone + cp) funciona limpiamente; el frontmatter de SKILL.md se analiza como YAML estricto con los 5 archivos referenciados presentes, y cada API documentada (construcción de AnnData, ad.concat, conversión a disperso, E/S de h5ad en modo backed, configuración de zarr) funciona correctamente contra el paquete anndata real. En una tarea A/B de construir y filtrar un AnnData, los brazos con skill y base produjeron scripts funcionalmente idénticos, correctos e idiomáticos (ambos descartaron la célula toda-ceros, ambos escribieron/recargaron h5ad en modo backed), así que la skill no aportó ninguna ventaja medible de salida en esta tarea. Requiere el paquete Python anndata instalado (pip install anndata); no necesita claves de API ni servicios externos.
Probado el: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalación
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Comandos y prompts de ejemplo
/anndataTrabaja con archivos de matriz anotada .h5ad para datos de célula única en el ecosistema scverse.
Los skills se activan con peticiones en lenguaje natural, sin comandos que memorizar. Tras instalarlo, prompts como estos lo activan (en inglés):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type