AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Ejecuta AlphaFold2 a través de ColabFold para plegar proteínas/complejos e interpretar la confianza pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Funciona con configuración
Qué hace
Predice estructuras de proteínas 3D a partir de una secuencia FASTA usando AlphaFold2 a través del pipeline MSA acelerado por MMseqs2 de ColabFold, cubriendo monómeros de cadena única y complejos AlphaFold2-Multimer. Explica cómo leer métricas de confianza per-residue y per-interface y cómo validar una secuencia diseñada mediante el replegado de autoconsistencia. Parte de una suite AlterLab más grande; explícitamente delega en habilidades hermanas para el co-plegado de ligandos, complejos de anticuerpos, embeddings o búsquedas en bases de datos. Requiere una CUDA GPU y la instalación de ColabFold.
Informe de la prueba
Enruta correctamente un péptido diseñado por ProteinMPNN al bucle de plegado y verificación de autoconsistencia y transfiere el paso de GPU a alterlab-remote-compute — pero el plegado real necesita una CUDA GPU plus multi-GB AlphaFold2 weights que este sandbox no tiene, por lo que solo se pudo verificar la capa de guía.
Probado el: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalación
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Comandos y prompts de ejemplo
/alterlab-alphafoldEjecuta AlphaFold2 a través de ColabFold para plegar proteínas/complejos e interpretar la confianza pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Los skills se activan con peticiones en lenguaje natural, sin comandos que memorizar. Tras instalarlo, prompts como estos lo activan (en inglés):
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.