Accessibility Aggregation

Fusiona picos de ATAC-seq/DNase-seq en un mapa de cromatina de unión — necesita un servidor MCP complementario para la obtención de datos.

Por ammawla · ammawla/encode-toolkit

Funciona con configuración ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Fusiona picos de ATAC-seq/DNase-seq en un mapa de cromatina de unión — necesita un servidor MCP complementario para la obtención de datos.

Qué hace

Agrega archivos narrowPeak de ATAC-seq y DNase-seq de múltiples experimentos ENCODE en un conjunto de picos de cromatina abierta de unión, aplicando filtrado de lista negra de ENCODE, filtrado de signalValue por muestra, eliminación de artefactos sub-nucleosomales de ATAC y clasificación por niveles de confianza alta/soportada/singleton. Se activa con solicitudes como 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' o 'where is chromatin accessible in my tissue'. Los pasos 1-3 y 7 (búsqueda/descarga/registro de procedencia) llaman a herramientas personalizadas encode_* que solo existen si el servidor MCP complementario encode-toolkit está instalado por separado; los pasos 4-6 (filtrado de lista negra/señal, bedtools merge, anotación de confianza) y el script validate_peaks.py incluido son autocontenidos y se ejecutan de forma independiente.

Informe de la prueba

Ejecuté el pipeline real de bedtools en datos sintéticos narrowPeak de ATAC/DNase: los filtros de lista negra + signalValue + sub-nucleosomales de la habilidad eliminaron correctamente un artefacto de lista negra plantado y un fragmento de Tn5 de 20bp que una fusión ingenua de línea base mantuvo como falsas 'regiones accesibles', pero su propia lógica AWK de nivel de confianza hace que el nivel 'Supported' sea inalcanzable para N<=4 muestras, y los pasos de búsqueda/descarga de ENCODE necesitan un servidor MCP encode-toolkit separado no incluido en la carpeta de la habilidad.

Probado el: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalación

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Comandos y prompts de ejemplo

/accessibility-aggregationFusiona picos de ATAC-seq/DNase-seq en un mapa de cromatina de unión — necesita un servidor MCP complementario para la obtención de datos.

Los skills se activan con peticiones en lenguaje natural, sin comandos que memorizar. Tras instalarlo, prompts como estos lo activan (en inglés):

Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Informe completo →