Trackpy Particle Tracking
Einzelpartikelverfolgung in Mikroskopie-Videos: Lokalisieren, Verknüpfen, Filtern, MSD-Diffusion mit trackpy
Getestet · Funktioniert
Was es kann
Ein Referenz-Skill für die Python-Bibliothek trackpy, der Claude durch die Einzelpartikelverfolgung (SPT) in der Videomikroskopie führt: Lokalisieren heller Punkte pro Frame, Verknüpfen zu Trajektorien, Filtern kurzer Spuren, Korrigieren der Tischdrift und Berechnen von MSD zur Extraktion von Diffusionskoeffizienten in 2D und 3D. Wird ausgelöst, wenn ein Benutzer ein Fluoreszenz- oder Hellfeldmikroskopie-Video (TIF-Stack, AVI, Bildserie) hat und pro-Partikel-Trajektorien, mittlere quadratische Verschiebungskurven oder Diffusionskoeffizienten wünscht. Wird nicht für Bildsegmentierung, Zellzählung oder generische Objekterkennung.
Testbericht
SKILL.md abgerufen (einzige Datei im Verzeichnis; keine gebündelten Skripte, keine Sicherheitslücken; Frontmatter hat name+description, Lizenz BSD-3). trackpy 0.7 + pims in einer venv installiert, ein synthetisches 60-Frame-TIF von 25 Gaußschen Partikeln erzeugt, die einen Zufallsgang mit bekanntem D_true=0.8 px^2/frame ausführen. Ein BASELINE-Skript (geschätzter Durchmesser, Standard-minmass, kein Stub-Filter, keine Driftkorrektur, grobe Lag-1-MSD) und ein SKILL-Skript (Workflow 1 wörtlich: locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit) ausgeführt. Baseline über-erkannte Rauschen (~55 Features/Frame vs 25 real), fragmentierte in 1752 Spuren und gab D=1.259 (57% zu hoch) zurück; der Skill filterte auf 20 saubere Spuren und gab D=0.691 (R^2=0.998) zurück, viel näher an der Wahrheit. Alle dokumentierten API-Aufrufe (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) korrekt ausgeführt.
Getestet am: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src mkdir -p ~/.claude/skills cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking # Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts): # pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy # For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2 OR pip install aicsimageio # Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.
Befehle & Beispiel-Prompts
/trackpy-particle-trackingEinzelpartikelverfolgung in Mikroskopie-Videos: Lokalisieren, Verknüpfen, Filtern, MSD-Diffusion mit trackpy
Skills reagieren auf normale Anfragen — keine Slash-Befehle nötig. Nach der Installation aktivieren Prompts wie diese den Skill (auf Englisch):
Track fluorescent particles in this microscopy videoCompute MSD for these vesicle trajectoriesLink detected spots into particle tracks across frames