BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Validiert Baum-/Geografie-Eingaben, erstellt ein vollständiges BioGeoBEARS-Analyse-Ordnergerüst und generiert ein lauffähiges RMarkdown-Skript.
Getestet · Funktioniert
Was es kann
Richtet phylogenetische biogeografische Analysen (Ahnenbereich) mit dem R-Paket BioGeoBEARS ein: Validiert und formatiert Geografiedateien neu gegen Baumspitzen, erstellt ein organisiertes Analyse-Verzeichnis und generiert ein benutzerdefiniertes RMarkdown-Skript, das die sechs Standardmodelle DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J) anpasst und vergleicht. Wird bei Anfragen zur Rekonstruktion von Ahnenbereichen, zur Analyse von Artenverteilungen auf einer Phylogenie oder zur Ausführung von BioGeoBEARS ausgelöst.
Testbericht
Den gebündelten Validator an echten Spielzeugdaten end-to-end ausgeführt: Er formatierte eine CSV-Verteilungstabelle korrekt in PHYLIP-Format um, fing dann drei echte, unterschiedliche Fehler in einer absichtlich kaputten Datei ab (ein Leerzeichen im Artnamen, falsche binäre Codierungslänge, ein ungültiges Zeichen) und einen Baum-/Geografie-Arten-Mismatch, jeweils mit einer präzisen, zeilennummerierten Meldung — genau die Art von Debugging, die eine manuelle Basislinien-Einrichtung 20+ Minuten durch Versuch und Irrtum kosten würde.
Getestet am: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Befehle & Beispiel-Prompts
/biogeobearsValidiert Baum-/Geografie-Eingaben, erstellt ein vollständiges BioGeoBEARS-Analyse-Ordnergerüst und generiert ein lauffähiges RMarkdown-Skript.
Skills reagieren auf normale Anfragen — keine Slash-Befehle nötig. Nach der Installation aktivieren Prompts wie diese den Skill (auf Englisch):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models