ATAC-seq Clustering Performance Interpretation
Wandelt veröffentlichte scATAC-seq Clustering-Metriken in einen gerankten Methodenvergleich um
Getestet · Funktioniert
Was es kann
Eine Methodenkarte zum Extrahieren von NMI-, ARI- und Reinheits-Scores aus Single-Cell ATAC-seq Benchmark-Tabellen, deren Standardisierung in eine Methode-nach-Datensatz-Matrix und das Ranking der Pipelines mit zusammenfassenden Statistiken und quantifizierten Lücken. Wird ausgelöst, wenn Sie entscheiden, welche veröffentlichte Clustering-Methode oder -Variante Sie übernehmen möchten oder ob Ihre wettbewerbsfähig ist. Reine Anleitung, keine Skripte oder Abhängigkeiten.
Testbericht
Fütterte es mit einer NMI-Tabelle mit vier Methoden und fünf Datensätzen, bei der zwei Zellen fehlten, und fragte, welche Pipeline übernommen werden sollte. Beide Läufe wählten SnapATAC, aber die Skill-geführte Antwort fügte hinzu, was wichtig war: Sie hielt die NA-Zellen explizit und meldete Mittelwerte zweimal, über verfügbare Werte und über die drei Datensätze, die jede Methode teilte, was aufzeigt, dass der höchste Rohmittelwert (0.783) zu einer Methode gehört, die die zwei schwierigsten Datensätze übersprungen hat und auf gemeinsamem Boden nur um 0.017 führt. Es produzierte auch Median, Rang, Gewinner pro Datensatz, eine Stichprobenprüfung von fünf Zellen gegen die Quelle und Lücken in absoluten und relativen Begriffen (+0.124 NMI, +22% für kmers+PCA gegenüber motifs+PCA) – die ununterstützte Antwort gab Mittelwerte, einen Gewinner und einen Vorbehalt. Der Umfang ist eng, im Wesentlichen ein veröffentlichter Benchmark, und das Frontmatter enthält eine verirrte Herkunftslinie, die ein Metabolomics-Collector-Skript benennt.
Getestet am: 2026-07-28 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone --depth 1 https://github.com/HolobiomicsLab/asb-skill-collections.git mkdir -p ~/.claude/skills cd asb-skill-collections && cp -r collections/epigenomics/v1/skills/atac-seq-clustering-performance-interpretation ~/.claude/skills/atac-seq-clustering-performance-interpretation
Befehle & Beispiel-Prompts
/atac-seq-clustering-performance-interpretationWandelt veröffentlichte scATAC-seq Clustering-Metriken in einen gerankten Methodenvergleich um
Skills reagieren auf normale Anfragen — keine Slash-Befehle nötig. Nach der Installation aktivieren Prompts wie diese den Skill (auf Englisch):
Which published scATAC-seq clustering method should I adopt for this?Rank these ATAC-seq clustering methods across datasets using NMI and ARII have NMI and ARI numbers from a scATAC benchmark, which variant wins?