anndata
Arbeitet mit annotierten .h5ad-Matrixdateien für Single-Cell-Daten im scverse-Ökosystem.
Funktioniert mit Setup
Was es kann
Datenstruktur für annotierte Matrizen in der Single-Cell-Analyse. Einsetzen bei der Arbeit mit .h5ad-Dateien oder bei der Integration mit dem scverse-Ökosystem. Dies ist der Skill für das Datenformat — für Analyse-Workflows scanpy nutzen, für probabilistische Modelle scvi-tools, für populationsweite Abfragen cellxgene-census.
Testbericht
Verbatim-Installation (git clone + cp) funktioniert sauber; SKILL.md-Frontmatter parst als striktes YAML mit allen 5 referenzierten Dateien vorhanden, und jede dokumentierte API (AnnData-Konstruktion, ad.concat, Sparse-Konvertierung, h5ad-Backed-Mode-I/O, zarr-Einstellungen) läuft korrekt gegen das echte anndata-Paket. Bei einer A/B-Aufgabe zum Aufbauen und Filtern eines AnnData produzierten Skill- und Base-Arm funktional identische, korrekte, idiomatische Skripte (beide verwarfen die All-Null-Zelle, beide schrieben/luden h5ad im Backed-Mode neu), sodass der Skill bei dieser Aufgabe keinen messbaren Ausgabevorteil brachte. Setzt das installierte anndata-Python-Paket voraus (pip install anndata); keine API-Keys oder externen Dienste nötig.
Getestet am: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Befehle & Beispiel-Prompts
/anndataArbeitet mit annotierten .h5ad-Matrixdateien für Single-Cell-Daten im scverse-Ökosystem.
Skills reagieren auf normale Anfragen — keine Slash-Befehle nötig. Nach der Installation aktivieren Prompts wie diese den Skill (auf Englisch):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type