Accessibility Aggregation

Führt ATAC-seq/DNase-seq Peaks zu einer vereinigten Chromatin-Karte zusammen – benötigt einen begleitenden MCP-Server für den Datenabruf.

von ammawla · ammawla/encode-toolkit

Funktioniert mit Setup ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Führt ATAC-seq/DNase-seq Peaks zu einer vereinigten Chromatin-Karte zusammen – benötigt einen begleitenden MCP-Server für den Datenabruf.

Was es kann

Aggregiert ATAC-seq- und DNase-seq-narrowPeak-Dateien aus mehreren ENCODE-Experimenten zu einem vereinigten Open-Chromatin-Peak-Set, wobei ENCODE-Blocklist-Filterung, pro-Proben-signalValue-Filterung, ATAC-Subnukleosom-Artefaktentfernung und High/Supported/Singleton-Konfidenzstufung angewendet werden. Wird ausgelöst bei Anfragen wie 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' oder 'where is chromatin accessible in my tissue'. Schritte 1-3 und 7 (search/download/provenance-log) rufen benutzerdefinierte encode_*-Tools auf, die nur existieren, wenn der begleitende encode-toolkit MCP-Server separat installiert ist; Schritte 4-6 (Blocklist-/Signalfilterung, bedtools merge, Konfidenzanmerkung) und das gebündelte validate_peaks.py-Skript sind eigenständig und laufen separat.

Testbericht

Führte die tatsächliche bedtools-Pipeline an synthetischen ATAC/DNase narrowPeak-Daten aus: Die Blocklist + signalValue + sub-nucleosomal Filter des Skills entfernten korrekt ein platziertes Blacklist-Artefakt und ein 20bp Tn5-Fragment, das eine naive Baseline-Zusammenführung als falsche 'accessible regions' beibehalten hatte, aber die eigene AWK-Logik der Konfidenzstufen macht die 'Supported'-Stufe für N<=4 Proben unerreichbar, und die ENCODE-Such-/Download-Schritte benötigen einen separaten encode-toolkit MCP-Server, der nicht im Skill-Ordner enthalten ist.

Getestet am: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Befehle & Beispiel-Prompts

/accessibility-aggregationFührt ATAC-seq/DNase-seq Peaks zu einer vereinigten Chromatin-Karte zusammen – benötigt einen begleitenden MCP-Server für den Datenabruf.

Skills reagieren auf normale Anfragen — keine Slash-Befehle nötig. Nach der Installation aktivieren Prompts wie diese den Skill (auf Englisch):

Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Vollständiger Testbericht (Englisch) →