Trackpy Particle Tracking

Enkeltpartikelsporing i mikroskopivideo: lokalisering, linking, filtrering, MSD-diffusion med trackpy

Af jaechang-hits · jaechang-hits/SciAgent-Skills

Testet · Virker ★ 9.2/10

Trackpy Particle Tracking — Enkeltpartikelsporing i mikroskopivideo: lokalisering, linking, filtrering, MSD-diffusion med trackpy

Hvad det gør

En referencefærdighed til Python trackpy-biblioteket, der guider Claude gennem enkeltpartikelsporing (SPT) i videomikroskopi: lokalisering af lyse pletter pr. ramme, linking af dem til trajektorier, filtrering af korte spor, korrektion af stage drift og beregning af MSD for at udtrække diffusionskoefficienter i 2D og 3D. Udløses, når en bruger har en fluorescens- eller brightfield-mikroskopivideo (TIF stack, AVI, billedserie) og ønsker per-partikel-trajektorier, mean squared displacement-kurver eller diffusionskoefficienter. Udløses ikke for billedsegmentering, celletælling eller generisk objektdetektering.

Testrapport

Hentede SKILL.md (eneste fil i mappen; ingen bundtede scripts, ingen sikkerhedsbrister; frontmatter har name+description, license BSD-3). Installerede trackpy 0.7 + pims i et venv, genererede en syntetisk 60-frame TIF af 25 Gaussiske partikler, der udførte en random walk med kendt D_true=0.8 px^2/frame. Kørte et BASELINE-script (gættet diameter, standard minmass, ingen stub-filter, ingen driftkorrektion, grov lag-1 MSD) og et SKILL-script (Workflow 1 ordret: locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit). Baseline over-detekterede støj (~55 features/frame vs 25 real), fragmenterede i 1752 spor og returnerede D=1.259 (57% høj); færdigheden filtrerede til 20 rene spor og returnerede D=0.691 (R^2=0.998), meget tættere på sandheden. Alle dokumenterede API-kald (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) blev udført korrekt.

Testet: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking
# Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts):
#   pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy
# For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2  OR  pip install aicsimageio
# Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.

Kommandoer og eksempelprompter

/trackpy-particle-trackingEnkeltpartikelsporing i mikroskopivideo: lokalisering, linking, filtrering, MSD-diffusion med trackpy

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Track fluorescent particles in this microscopy video
Compute MSD for these vesicle trajectories
Link detected spots into particle tracks across frames

Læs hele rapporten →