ROBOT OBO Tool

Kommandoreference for ROBOT, standard OBO-ontology CLI: ræsonnement, TSV-til-OWL-skabeloner, QC, formatkonvertering.

Af ai4curation · ai4curation/curation-skills

Testet · Virker ★ 9.6/10

ROBOT OBO Tool — Kommandoreference for ROBOT, standard OBO-ontology CLI: ræsonnement, TSV-til-OWL-skabeloner, QC, formatkonvertering.

Hvad det gør

En referenceguide (SKILL.md + 8 dokumenter/dybdegående filer) til ROBOT, Java CLI'en brugt af næsten alle OBO Foundry ontology build pipelines, der dækker ræsonnement (ELK/HermiT), skabelonbaseret termgenerering fra TSV/CSV, kvalitetskontrolrapporter, formatkonvertering, modulekstraktion, SPARQL-forespørgsler og kommandokædning. Udløses, når brugeren arbejder med OWL/OBO ontology-filer og har brug for et automatiseret build/QC/konverteringstrin.

Testrapport

Installerede rigtig Java + downloadede den faktiske ROBOT jar fra ontodev/robot og kørte den live: en naiv skabelon TSV (ingen skill-vejledning) fejlede øjeblikkeligt med UNKNOWN TEMPLATE ERROR, mens skill'ens dokumenterede 3-rækkes skabelonformat (headere / skabelonstrenge som 'SC %' og 'A rdfs:comment' / data) producerede gyldig OWL, der derefter blev konverteret rent til OBO med den præcise dokumenterede kommando.

Testet: 2026-07-15 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/ai4curation/curation-skills
cd curation-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r robot-obo-tool ~/.claude/skills/robot-obo-tool

Kommandoer og eksempelprompter

/robot-obo-toolKommandoreference for ROBOT, standard OBO-ontology CLI: ræsonnement, TSV-til-OWL-skabeloner, QC, formatkonvertering.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Generate OWL term classes from this TSV using robot template
Convert my OWL ontology file to OBO format with robot convert
Run a QC report on this OBO ontology and check for reasoning errors

Læs hele rapporten →