ReacNetGenerator

Kører ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectories for at bygge reaktionsnetværk og rapporter.

Af jinzhezenggroup · jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills

Testet · Virker ★ 9.2/10

ReacNetGenerator — Kører ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectories for at bygge reaktionsnetværk og rapporter.

Hvad det gør

Wrapper omkring ReacNetGenerator (og hjælpeværktøjet reacnet-md-tools), der omdanner LAMMPS dump/bond/xyz-trajectories til reaktionsnetværksrapporter og automatisk håndterer koordinatformat-finurligheder (xs/ys/zs til x/y/z, PBC/cell-valg). Udløses, når en bruger vil analysere en reaktiv MD-trajectory eller efterbehandle eksisterende .reactionabcd/.species-output i stedet for at køre den igen. Vælger mellem den high-level wrapper-CLI og den native reacnetgenerator-CLI afhængigt af, om officielle low-level flags er nødvendige.

Testrapport

Bedt om at planlægge en kørsel på en xs/ys/zs LAMMPS dump uden datafil: den styrede mod reacnet-md-tools-wrapperen og --nohmm frem for at opfinde reacnetgenerator-flags — netop den hallucinationsfejl et nichekemi-skill skal forhindre.

Testet: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills
cd computational-chemistry-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator

Kommandoer og eksempelprompter

/reacnetgeneratorKører ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectories for at bygge reaktionsnetværk og rapporter.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Build a reaction network from my LAMMPS trajectory
Analyze this ReaxFF dump with ReacNetGenerator
Post-process my reactive MD trajectory output

Læs hele rapporten →