Build SimBiology Models

Tæt SimBiology API-/regelreference, der forhindrer reelle tvetydige-species- og forældede-property-fejl.

Af matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Testet · Virker ★ 9.6/10

Build SimBiology Models — Tæt SimBiology API-/regelreference, der forhindrer reelle tvetydige-species- og forældede-property-fejl.

Hvad det gør

Dette skill er en 499-linjers API-reference og regelsæt til programmatisk opbygning og diagramtegning af SimBiology-modeller - dækker kvalificeret species-navngivning, moderne property-navne (Value/Units/Constant), reaktionsretnings-konventioner, regel-/event-begrænsninger og diagram-layout-matematik. Den trigges af 'build/add/modify compartment, species, reaction, diagram, layout' og henviser eksplicit simulerings- og parameterfitting-forespørgsler til søsterskills.

Testrapport

Bad begge veje om at koble en to-compartment PK-model med en 'Drug'-species i hvert compartment: den uassisterede baseline skrev ukvalificerede species-referencer, som SimBiology afviser som tvetydige på tværs af compartments, mens skillets Regel 5 (brug altid Compartment.Species-kvalificerede navne) producerede reaktionsstrenge, der faktisk er gyldige.

Testet: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-build-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-build-simbiology-model

Kommandoer og eksempelprompter

/matlab-build-simbiology-modelTæt SimBiology API-/regelreference, der forhindrer reelle tvetydige-species- og forældede-property-fejl.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Help me add a species and reaction to my SimBiology model
Build a compartment diagram programmatically in SimBiology
Fix the ambiguous species naming error in my SimBiology script

Læs hele rapporten →