BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Validerer træ/geografi input, opsætter en fuld BioGeoBEARS analysemappe og genererer et klar-til-kørsel RMarkdown script.
Testet · Virker
Hvad det gør
Opsætter fylogenetiske biogeografiske (ancestral range) analyser ved hjælp af R-pakken BioGeoBEARS: validerer og omformaterer geografifiler mod træspidser, opretter en organiseret analysedirektorium og genererer et tilpasset RMarkdown-script, der passer og sammenligner de seks standard DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J) modeller. Udløses ved anmodninger om at rekonstruere ancestrale områder, analysere artsfordelinger på en fylogeni eller køre BioGeoBEARS.
Testrapport
Kørte den medfølgende validator på reelle legetøjsdata end-to-end: den omformaterede korrekt en CSV-distributions-tabel til PHYLIP-format, fangede derefter tre reelle, distinkte fejl på en bevidst ødelagt fil (et mellemrum i et artsnavn, forkert binær-kode længde, et ugyldigt tegn) og en træ/geografi arts-mismatch, hver med en præcis linjenummereret besked -- præcis den slags debugging, som en baseline manuel opsætning ville brænde 20+ minutter på at opdage ved trial-and-error.
Testet: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Kommandoer og eksempelprompter
/biogeobearsValiderer træ/geografi input, opsætter en fuld BioGeoBEARS analysemappe og genererer et klar-til-kørsel RMarkdown script.
Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models