anndata

Arbejder med .h5ad annoterede matrixfiler til single-cell-data i scverse-økosystemet.

Af K-Dense-AI · K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Virker med opsætning ★ 7.6/10

anndata — Arbejder med .h5ad annoterede matrixfiler til single-cell-data i scverse-økosystemet.

Hvad det gør

Datastruktur til annoterede matricer i single-cell-analyse. Brug det, når du arbejder med .h5ad-filer eller integrerer med scverse-økosystemet. Dette er data-format-skillet — brug scanpy til analyse-workflows, scvi-tools til probabilistiske modeller, og cellxgene-census til forespørgsler i population-skala.

Testrapport

Verbatim-installation (git clone + cp) fungerer problemfrit; SKILL.md's frontmatter parses som streng YAML, med alle 5 refererede filer til stede, og hver dokumenteret API (AnnData-konstruktion, ad.concat, sparse-konvertering, h5ad backed-mode I/O, zarr-indstillinger) kører korrekt mod den rigtige anndata-pakke. På en A/B build-and-filter-an-AnnData-opgave producerede skill- og basisforsøgene funktionelt identiske, korrekte, idiomatiske scripts (begge droppede den all-zero celle, begge skrev/genindlæste h5ad i backed mode), så skillet gav ingen målbar output-fordel på denne opgave. Kræver Python-pakken anndata installeret (pip install anndata); ingen API-nøgler eller eksterne tjenester nødvendige.

Testet: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills
cd scientific-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata

Kommandoer og eksempelprompter

/anndataArbejder med .h5ad annoterede matrixfiler til single-cell-data i scverse-økosystemet.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Load and inspect this .h5ad single-cell dataset
Convert my single-cell data into an AnnData object
Subset this AnnData file by cell type

Læs hele rapporten →