SkillProof tested Claude skills

Accessibility Aggregation

Sammenfletter ATAC-seq/DNase-seq peaks til et samlet kromatin-kort — kræver en ledsagende MCP-server til datahentning.

Af ammawla · ammawla/encode-toolkit

Virker med opsætning ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Sammenfletter ATAC-seq/DNase-seq peaks til et samlet kromatin-kort — kræver en ledsagende MCP-server til datahentning.

Hvad det gør

Aggregerer ATAC-seq og DNase-seq narrowPeak-filer fra flere ENCODE-eksperimenter til et samlet åbent-kromatin peak-sæt, anvender ENCODE blocklist-filtrering, per-prøve signalValue-filtrering, ATAC sub-nukleosomal artefaktfjernelse og høj/understøttet/singleton konfidens-tiering. Udløses ved anmodninger som 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' eller 'where is chromatin accessible in my tissue'. Trin 1-3 og 7 (søg/download/provenance-log) kalder brugerdefinerede encode_* værktøjer, der kun eksisterer, hvis den ledsagende encode-toolkit MCP-server er installeret separat; trin 4-6 (blocklist/signal-filtrering, bedtools merge, konfidens-annotation) og det medfølgende validate_peaks.py script er selvstændige og kører standalone.

Testrapport

Kørte den faktiske bedtools-pipeline på syntetiske ATAC/DNase narrowPeak-data: skillens blocklist + signalValue + sub-nukleosomale filtre fjernede korrekt et plantet blacklist-artefakt og et 20bp Tn5-fragment, som en naiv baseline-merge beholdt som falske 'accessible regions', men dens egen konfidens-tier AWK-logik gør 'Supported'-tieren uopnåelig for N<=4 prøver, og ENCODE søge/download-trinene kræver en separat encode-toolkit MCP-server, der ikke er inkluderet i skill-mappen.

Testet: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Kommandoer og eksempelprompter

  • /accessibility-aggregationSammenfletter ATAC-seq/DNase-seq peaks til et samlet kromatin-kort — kræver en ledsagende MCP-server til datahentning.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

  • Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
  • Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
  • Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Læs hele rapporten →