Trackpy Particle Tracking

Sledování jednotlivých částic v mikroskopickém videu: lokalizace, propojení, filtrování, MSD difúze s trackpy

od jaechang-hits · jaechang-hits/SciAgent-Skills

Otestováno · Funguje ★ 9.2/10

Trackpy Particle Tracking — Sledování jednotlivých částic v mikroskopickém videu: lokalizace, propojení, filtrování, MSD difúze s trackpy

Co umí

Referenční dovednost pro Python knihovnu trackpy, která provede Claudeho sledováním jednotlivých částic (SPT) v videomikroskopii: lokalizace jasných bodů na snímek, jejich propojení do trajektorií, filtrování krátkých stop, korekce driftu stolku a výpočet MSD pro extrakci difúzních koeficientů ve 2D a 3D. Spouští se, když uživatel má fluorescenční nebo světlopolní mikroskopické video (TIF stack, AVI, série obrázků) a chce trajektorie jednotlivých částic, křivky střední kvadratické odchylky nebo difúzní koeficienty. Nespouští se pro segmentaci obrazu, počítání buněk nebo obecnou detekci objektů.

Testovací report

Načten SKILL.md (jediný soubor v adresáři; žádné přibalené skripty, žádné bezpečnostní problémy; frontmatter má name+description, licenci BSD-3). Nainstalován trackpy 0.7 + pims do venv, vygenerován syntetický 60snímkový TIF 25 Gaussových částic provádějících náhodnou procházku se známým D_true=0.8 px^2/frame. Spuštěn ZÁKLADNÍ skript (odhadovaný průměr, výchozí minmass, žádný stub filtr, žádná korekce driftu, hrubá lag-1 MSD) a SKILL skript (Workflow 1 doslovně: locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit). Základní verze předetekovala šum (~55 prvků/snímek vs 25 skutečných), fragmentovala se do 1752 stop a vrátila D=1.259 (o 57% vyšší); dovednost filtrovala na 20 čistých stop a vrátila D=0.691 (R^2=0.998), mnohem blíže pravdě. Všechny dokumentované volání API (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) byly provedeny správně.

Testováno: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalace

git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking
# Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts):
#   pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy
# For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2  OR  pip install aicsimageio
# Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.

Příkazy a ukázkové prompty

/trackpy-particle-trackingSledování jednotlivých částic v mikroskopickém videu: lokalizace, propojení, filtrování, MSD difúze s trackpy

Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):

Track fluorescent particles in this microscopy video
Compute MSD for these vesicle trajectories
Link detected spots into particle tracks across frames

Kompletní testovací report (anglicky) →