SkillProof tested Claude skills

Single-Cell RNA-seq QC

Automatizované QC ve stylu scverse pro data .h5ad/.h5 z jednobuněčné RNA s filtrováním založeným na MAD a diagnostickými grafy.

od biocontext-ai · biocontext-ai/skill-to-mcp

Otestováno · Funguje ★ 9.6/10

Single-Cell RNA-seq QC — Automatizované QC ve stylu scverse pro data .h5ad/.h5 z jednobuněčné RNA s filtrováním založeným na MAD a diagnostickými grafy.

Co umí

Spouští plný pipeline QC pro jednobuněčnou RNA-seq (scripts/qc_analysis.py) nebo zpřístupňuje modulární funkce (qc_core.py, qc_plotting.py) podle osvědčených postupů scverse: adaptivní detekce odlehlých hodnot založená na MAD na počtech/genech/mitochondriálních %, filtrování genů a diagnostické vizualizace před/po. Spouští se na požadavky na QC, filtrování nebo osvědčené postupy scverse/scanpy pro soubory .h5ad nebo 10X .h5.

Testovací report

Spustil jsem scripts/qc_analysis.py end-to-end na syntetickém AnnData souboru s 300 buňkami: automaticky odvodil prahy MAD, označil 45 odlehlých buněk (15 %) a zapsal 3 skutečné diagnostické PNG plus filtrované a QC-anotované výstupy h5ad — základní skript s pevným prahem produkoval pouze filtrovaný soubor bez vizualizací a bez adaptivního uvažování.

Testováno: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalace

git clone https://github.com/biocontext-ai/skill-to-mcp
cd skill-to-mcp
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/single-cell-rna-qc ~/.claude/skills/single-cell-rna-qc

Příkazy a ukázkové prompty

  • /single-cell-rna-qcAutomatizované QC ve stylu scverse pro data .h5ad/.h5 z jednobuněčné RNA s filtrováním založeným na MAD a diagnostickými grafy.

Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):

  • Run MAD-based QC filtering on my h5ad single-cell dataset
  • Flag low-count and MT-heavy cells in this AnnData file
  • Generate diagnostic QC plots for my scRNA-seq data

Kompletní testovací report (anglicky) →