ROBOT OBO Tool
Referenční příručka příkazů pro ROBOT, standardní OBO-ontologické CLI: uvažování, TSV-to-OWL šablony, QC, konverze formátů.
Otestováno · Funguje
Co umí
Referenční příručka (SKILL.md + 8 docs/ podrobných souborů) pro ROBOT, Java CLI používané téměř každou pipeline pro sestavování ontologií OBO Foundry, pokrývající uvažování (ELK/HermiT), generování termínů na základě šablon z TSV/CSV, zprávy o kontrole kvality, konverzi formátů, extrakci modulů, SPARQL dotazy a řetězení příkazů. Spouští se, když uživatel pracuje se soubory ontologií OWL/OBO a potřebuje automatizovaný krok sestavení/QC/konverze.
Testovací report
Nainstaloval skutečnou Javu + stáhl skutečný ROBOT jar z ontodev/robot a spustil ho živě: naivní šablona TSV (bez pokynů dovednosti) okamžitě selhala s UNKNOWN TEMPLATE ERROR, zatímco dokumentovaný 3-řádkový formát šablony dovednosti (hlavičky / řetězce šablon jako 'SC %' a 'A rdfs:comment' / data) vygeneroval platný OWL, který se poté čistě převedl na OBO s přesným dokumentovaným příkazem.
Testováno: 2026-07-15 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone https://github.com/ai4curation/curation-skills cd curation-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r robot-obo-tool ~/.claude/skills/robot-obo-tool
Příkazy a ukázkové prompty
/robot-obo-toolReferenční příručka příkazů pro ROBOT, standardní OBO-ontologické CLI: uvažování, TSV-to-OWL šablony, QC, konverze formátů.
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Generate OWL term classes from this TSV using robot templateConvert my OWL ontology file to OBO format with robot convertRun a QC report on this OBO ontology and check for reasoning errors