ReacNetGenerator

Spouští ReacNetGenerator na trajektoriích LAMMPS/ReaxFF a staví reakční sítě a reporty.

od jinzhezenggroup · jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills

Otestováno · Funguje ★ 9.2/10

ReacNetGenerator — Spouští ReacNetGenerator na trajektoriích LAMMPS/ReaxFF a staví reakční sítě a reporty.

Co umí

Obaluje ReacNetGenerator (a pomocníka reacnet-md-tools) a mění dump/bond/xyz trajektorie z LAMMPS na reporty reakčních sítí, automaticky řeší kvirky souřadnicového formátu (xs/ys/zs na x/y/z, volba PBC/cell). Spouští se, když chce uživatel analyzovat reaktivní MD trajektorii nebo dopracovat existující výstup .reactionabcd/.species místo opětovného běhu. Vybírá mezi vysokoúrovňovým wrapper CLI a nativním CLI reacnetgenerator podle toho, jestli jsou potřeba oficiální nízkoúrovňové flagy.

Testovací report

Na plán prvního běhu na LAMMPS dumpu s xs/ys/zs bez data souboru navedl na wrapper reacnet-md-tools a --nohmm místo vymýšlení flagů reacnetgenerator z paměti — přesně halucinaci, které má nišový chemický CLI skill zabránit.

Testováno: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalace

git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills
cd computational-chemistry-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator

Příkazy a ukázkové prompty

/reacnetgeneratorSpouští ReacNetGenerator na trajektoriích LAMMPS/ReaxFF a staví reakční sítě a reporty.

Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):

Build a reaction network from my LAMMPS trajectory
Analyze this ReaxFF dump with ReacNetGenerator
Post-process my reactive MD trajectory output

Kompletní testovací report (anglicky) →