Build SimBiology Models
Hutná referenční příručka API/pravidel SimBiology, která předchází reálným chybám s nejednoznačnými species a zastaralými vlastnostmi.
Otestováno · Funguje
Co umí
Tento skill je 499řádková referenční příručka API a sada pravidel pro programové sestavování a diagramování modelů SimBiology — pokrývá kvalifikované pojmenování species, moderní názvy vlastností (Value/Units/Constant), konvence směru reakcí, omezení pravidel/událostí a matematiku rozvržení diagramu. Spouští se na 'sestav/přidej/uprav compartment, species, reakci, diagram, layout' a explicitně přenechává požadavky na simulaci a fitování parametrů sesterským skillům.
Testovací report
Požádal jsem oběma cestami o sestavení dvoukompartmentového PK modelu se species 'Drug' v každém kompartmentu: nevedená baseline napsala nekvalifikované odkazy na species, které SimBiology napříč kompartmenty odmítá jako nejednoznačné, zatímco Pravidlo 5 skillu (vždy používat kvalifikovaná jména Compartment.Species) vyprodukovalo řetězce reakcí, které jsou skutečně platné.
Testováno: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-build-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-build-simbiology-model
Příkazy a ukázkové prompty
/matlab-build-simbiology-modelHutná referenční příručka API/pravidel SimBiology, která předchází reálným chybám s nejednoznačnými species a zastaralými vlastnostmi.
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Help me add a species and reaction to my SimBiology modelBuild a compartment diagram programmatically in SimBiologyFix the ambiguous species naming error in my SimBiology script