BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Validuje vstup stromu/geografie, sestaví kompletní složku pro analýzu BioGeoBEARS a vygeneruje připravený skript RMarkdown.
Otestováno · Funguje
Co umí
Nastavuje fylogenetické biogeografické analýzy (rekonstrukce ancestrálního rozšíření) pomocí balíčku R BioGeoBEARS: validuje a přeformátuje geografické soubory proti koncům větví stromu, vytvoří organizovanou adresářovou strukturu analýzy a vygeneruje přizpůsobený skript RMarkdown, který se hodí a porovnává šest standardních modelů DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J). Spouští se na požadavky na rekonstrukci ancestrálního rozšíření, analýzu distribuce druhů na fylogenezi nebo spuštění BioGeoBEARS.
Testovací report
Spustil jsem přiložený validátor na skutečných datových hračkách end-to-end: správně přeformátoval tabulku distribuce CSV do formátu PHYLIP, poté zachytil tři skutečné, odlišné chyby v záměrně poškozeném souboru (mezera ve jméně druhu, nesprávná délka binárního kódu, neplatný znak) a neshodu druhů ve stromu/geografii, každou s přesnou zprávou s číslem řádku — přesně ten druh ladění, který by základní manuální nastavení objevil zdlouhavým pokusem a omylem.
Testováno: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Příkazy a ukázkové prompty
/biogeobearsValiduje vstup stromu/geografie, sestaví kompletní složku pro analýzu BioGeoBEARS a vygeneruje připravený skript RMarkdown.
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models