ATAC-seq Clustering Performance Interpretation
Přeměňuje publikované metriky shlukování scATAC-seq na srovnání metod s hodnocením
Otestováno · Funguje
Co umí
Metodická karta pro extrahování skóre NMI, ARI a čistoty z benchmarkových tabulek jednobuněčné ATAC-seq, jejich standardizaci do matice metoda-podle-datové sady a řazení pipeline s souhrnnými statistikami a kvantifikovanými mezerami. Spouští se, když se rozhodujete, kterou publikovanou metodu shlukování nebo variantu přijmout, nebo zda je vaše konkurenceschopná. Čisté vedení, žádné skripty ani závislosti.
Testovací report
Předložil jsem mu tabulku NMI se čtyřmi metodami a pěti datovými sadami se dvěma chybějícími buňkami a zeptal se, kterou pipeline přijmout. Oba běhy vybraly SnapATAC, ale odpověď řízená skillem přidala to, co bylo důležité: ponechala buňky NA explicitní a nahlásila průměry dvakrát, přes dostupné hodnoty a přes tři datové sady, které sdílela každá metoda, což odhaluje, že nejvyšší surový průměr (0.783) patří metodě, která přeskočila dvě nejtěžší datové sady a vede pouze o 0.017 na sdílené půdě. Také vyprodukovala medián, pořadí, vítěze pro každou datovou sadu, namátkovou kontrolu pěti buněk proti zdroji a mezery v absolutních a relativních termínech (+0.124 NMI, +22% pro kmers+PCA oproti motifs+PCA) – nepomáhaná odpověď poskytla průměry, vítěze a jedno upozornění. Rozsah je úzký, v podstatě jeden publikovaný benchmark, a frontmatter obsahuje zatoulaný řádek původu pojmenovávající skript pro sběr metabolomiky.
Testováno: 2026-07-28 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone --depth 1 https://github.com/HolobiomicsLab/asb-skill-collections.git mkdir -p ~/.claude/skills cd asb-skill-collections && cp -r collections/epigenomics/v1/skills/atac-seq-clustering-performance-interpretation ~/.claude/skills/atac-seq-clustering-performance-interpretation
Příkazy a ukázkové prompty
/atac-seq-clustering-performance-interpretationPřeměňuje publikované metriky shlukování scATAC-seq na srovnání metod s hodnocením
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Which published scATAC-seq clustering method should I adopt for this?Rank these ATAC-seq clustering methods across datasets using NMI and ARII have NMI and ARI numbers from a scATAC benchmark, which variant wins?