anndata
Pracuje se soubory anotovaných matic .h5ad pro single-cell data v ekosystému scverse.
Funguje s nastavením
Co umí
Datová struktura pro anotované matice v single-cell analýze. Použijte při práci se soubory .h5ad nebo integraci s ekosystémem scverse. Toto je skill pro datový formát — pro analytické workflow použijte scanpy, pro pravděpodobnostní modely scvi-tools, pro dotazy v populačním měřítku cellxgene-census.
Testovací report
Doslovná instalace (git clone + cp) funguje bez problémů; frontmatter SKILL.md se parsuje jako striktní YAML, přítomno všech 5 odkazovaných souborů, a každé zdokumentované API (konstrukce AnnData, ad.concat, konverze na sparse, I/O h5ad v backed módu, nastavení zarr) korektně běží proti reálnému balíčku anndata. Na A/B úloze sestavení a filtrování AnnData vyprodukovaly běh se skillem i základní běh funkčně identické, korektní a idiomatické skripty (oba zahodily buňku se samými nulami, oba zapsali/znovu načetli h5ad v backed módu), takže skill na této úloze nepřinesl žádnou měřitelnou výhodu ve výstupu. Vyžaduje nainstalovaný Python balíček anndata (pip install anndata); nejsou potřeba žádné API klíče ani externí služby.
Testováno: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Příkazy a ukázkové prompty
/anndataPracuje se soubory anotovaných matic .h5ad pro single-cell data v ekosystému scverse.
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type