AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Spouští AlphaFold2 přes ColabFold pro skládání proteinů/komplexů a interpretaci spolehlivosti pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Funguje s nastavením
Co umí
Předpovídá 3D struktury proteinů z FASTA sekvence pomocí AlphaFold2 prostřednictvím MMseqs2-akcelerované MSA pipeline ColabFold, pokrývající jednořetězcové monomery a AlphaFold2-Multimer komplexy. Vysvětluje, jak číst metriky spolehlivosti na reziduum a na rozhraní a jak ověřit navrženou sekvenci pomocí refoldingu s vlastní konzistencí. Součást větší sady AlterLab; explicitně se odkazuje na sesterské dovednosti pro kofolding ligandů, komplexy protilátek, embeddingy nebo vyhledávání v databázích. Vyžaduje CUDA GPU a instalaci ColabFold.
Testovací report
Správně směruje peptid navržený ProteinMPNN do smyčky self-consistency fold-and-check a předává krok GPU na alterlab-remote-compute -- ale skutečné skládání vyžaduje CUDA GPU plus vícegigabajtové váhy AlphaFold2, které toto sandboxové prostředí nemá, takže mohla být ověřena pouze vrstva navádění.
Testováno: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Příkazy a ukázkové prompty
/alterlab-alphafoldSpouští AlphaFold2 přes ColabFold pro skládání proteinů/komplexů a interpretaci spolehlivosti pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.