SkillProof tested Claude skills

Accessibility Aggregation

Slučuje ATAC-seq/DNase-seq peaky do sjednocené chromatinové mapy — vyžaduje doprovodný MCP server pro načítání dat.

od ammawla · ammawla/encode-toolkit

Funguje s nastavením ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Slučuje ATAC-seq/DNase-seq peaky do sjednocené chromatinové mapy — vyžaduje doprovodný MCP server pro načítání dat.

Co umí

Agreguje narrowPeak soubory ATAC-seq a DNase-seq z více experimentů ENCODE do sjednocené sady peaků otevřeného chromatinu, aplikuje filtrování ENCODE blocklistu, filtrování signalValue na vzorek, odstranění sub-nukleosomálních artefaktů ATAC a vrstvení důvěryhodnosti high/supported/singleton. Spouští se na požadavky jako 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' nebo 'where is chromatin accessible in my tissue'. Kroky 1-3 a 7 (search/download/provenance-log) volají vlastní nástroje encode_*, které existují pouze v případě, že je samostatně nainstalován doprovodný encode-toolkit MCP server; kroky 4-6 (filtrování blocklistu/signálu, bedtools merge, anotace důvěryhodnosti) a přibalený skript validate_peaks.py jsou samostatné a běží samostatně.

Testovací report

Spustil jsem skutečný bedtools pipeline na syntetických ATAC/DNase narrowPeak datech: filtry blocklist + signalValue + sub-nukleosomální filtry skillu správně odstranily zasazený blacklist artefakt a 20bp Tn5 fragment, který naivní baseline merge ponechala jako falešné 'accessible regions', ale jeho vlastní AWK logika pro vrstvení důvěryhodnosti činí úroveň 'Supported' nedosažitelnou pro N<=4 vzorky, a kroky vyhledávání/stahování ENCODE potřebují samostatný encode-toolkit MCP server, který není součástí složky skillu.

Testováno: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalace

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Příkazy a ukázkové prompty

  • /accessibility-aggregationSlučuje ATAC-seq/DNase-seq peaky do sjednocené chromatinové mapy — vyžaduje doprovodný MCP server pro načítání dat.

Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):

  • Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
  • Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
  • Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Kompletní testovací report (anglicky) →